随着农业部对养殖废弃物资源化利用的重视，发酵制作有机肥已经越来越受到重视。虽然有机肥可以自然发酵，但发酵时间比较长（一般需要1-3个月，主要是发酵温度较低）采用发酵剂则可以大幅度缩短发酵时间，且发酵的质量更好，这就是为什么有机肥生产线设备一定要使用业发酵剂的原因，发酵时间的缩短与减少翻堆次数，直接节约大量场地与人工。
国内大多数有机肥料只堆肥发酵15-20天，这样的产品只能达到无害化标准。而达到标准的有机肥料堆肥发酵过程一般需要45-60天的时间。
这是因为在堆肥前期的升温阶段以及温阶段会杀死植物致病病原菌、虫卵、杂草籽等有害微生物，但此过程中微生物的主要作用是新陈代谢、繁殖，而只产生很少量的代谢产物，并且这些代谢产物不稳定也不易被植物吸收。
到后期的降温期，微生物才会进行有机物的腐殖质化，并在此过程中产生大量有益于植物生长吸收的代谢产物，这个过程需要45-60天。
经此过程的堆肥可以达到三个目的，一是无害化、二是腐殖质化、三是产生大量微生物代谢产物如各种抗生素、蛋白类物质等。
有机肥的发酵过程实际上就是各种微生物新陈代谢，繁殖的过程，微生物的新陈代谢过程即有机物分解的过程。
