有机肥堆肥过程中，除了正确的使用有机肥生产设备之外，通风也影响了好氧发酵微生物生长活动，堆肥温度的上升，病原菌的杀灭以及有机质的分解 ，会影响有机肥产品质量。所以，通风也是比较关键的一步。
有机物料发酵过程中，氧气供应充足可以加速有机质分解，缩短发酵时间，加速发酵初期温度的上升速率，减少恶臭气体的产生。
有机物的好氧发酵是个十分复杂的生化反应过程，不同阶段通风的作用不同，发酵初期通风主要是提供氧气，中期主要是供氧和散热，后期主要是降低有机肥含水率。
因此，通风供氧不足，控制微生物生长和温度上升；但通风量过大，会导致热量损失过多，导致温度上升困难和水分不足。一般情况下，通风方式要求氧气浓度在百分之5-百分之15作为堆肥过程控制目标。
通风方式主要有单一机械翻堆，强制通风与机械翻堆相结合和单一强制通风。研究表明，强制通风和机械翻堆机结合的方式是适合的通风方式，它可以加快堆肥温度上升，促进微生物的分解转化，从而加快堆肥的腐熟。
因此，生产有机肥时，可以在堆肥条剁开设宽度为20cm，深度为10cm的通风槽，通风量为0.3m³/min，并且按期使用翻抛机进行翻堆。
